Las autoridades universitarias rechazan que las ZEDE tengan la potestad de establecer sus propias políticas educativas debido a que trasgrede el mandato constitucional de la UNAH, y llama a los movimientos sociales, organizaciones y sectores a defender la autonomía y autoridad de regir la educación superior del país.

Expertos  expusieron las consecuencias que pueden tener las leyes en favor de las ZEDE, y entre ellas destacan una situación de una contradicción insalvable donde los hondureños que residen en su propio territorio tengan un carácter de casi extranjeros y que límite los derechos humanos en la lucha contra la corrupción y extradición.