Alvarado enfrenta una querella desde el año 2006 por haber prestado su programa de Tv el Noticiero Mi Nación, para que catedráticos de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, UNAH denunciaran a la decana Belinda Flores, de haber cometido ilegalidades en el otorgamiento de títulos en la decanatura de Economía. Aunque un juzgado tribunal desestimó la querella la defensa de Flores se fue en apelación donde ganó una condena contra Alvarado por un año y cuatro meses de prisión, y la suspensión del ejercicio periodístico y otros derechos.
La denuncia se presentó ante la CIDH y se solicitó medidas cautelares, estas últimas fueron otorgadas el 05 de noviembre de 2014 y demandaban del Estado de Honduras la suspensión de la sentencia mientras la CIDH procediera a decidir sobre la admisibilidad del caso, lo cual aún está en espera.
Al estado le llevó más de un año implementar esa medida cautelar porque se resistía a hacerlo, llegando al extremo de suspender de la profesión a Alvarado el 29 de octubre de 2015 y retractarse de esa acción por la presión que se ejerció hasta el 11 de diciembre de ese mismo año.
Una artimaña diabólica
El 21 de octubre de 2015 se realizó una reunión de trabajo ante la CIDH con los representantes y peticionarias de Julio Ernesto Alvarado, a la misma debía ir el periodista, pero cuando intentó salir del país lo detuvieron en el aeropuerto manifestándole que tenía una alerta migratoria que databa desde el año 1986. El argumento es que otra persona usaba su pasaporte y había cometido ilegalidades, entre ellas homicidio. En concreto después de dilatorias en la Dirección de Migración y violentando la petición de la CIDH a los Estados de que no obstaculicen la presencia de las víctimas ante esta instancia, al comunicador social no se le dejó salir de Honduras.
Para verificar el sustento de esta artimaña diabólica, la abogada Kenia Oliva, de la Iniciativa Periodismo y Democracia y representante legal de Alvarado , se dio a la tarea de investigar el sustento de la supuesta alerta migratoria pero no tiene ninguno. Debería haber un expediente con un caso, pero no existe y la Jueza a cargo ha dicho que no firma una constancia para que Migración proceda a desactivar la alerta, hasta que aparezca el expediente.
Las actuaciones carecen de lógica y en especial violentan el acceso a la justicia de Alvarado y evitó que otra vez saliera del país a un viaje que tenía programado para finales de marzo.
País por cárcel
Esta reiterada violación a la libre locomoción del periodista, lo que obligó a las peticionarias ante la CIDH a presentar la denuncia, que en uno de sus párrafos señala:
El señor JULIO ERNESTO ALVARADO, se encuentra en una grave inseguridad jurídica, pero también ante una denegación de justicia, puesto que ha solicitado a la autoridad judicial que le informe sobre la situación de la alerta migratoria pero no ha recibido respuesta alguna y lo más grave son los argumentos del Juzgado que emitió la orden, que al no existir un expediente en su contra no pueden eliminar dicha alerta, y por otro lado las autoridades Migratorias, argumentan que sin una orden judicial que indique que se debe de desactivar la orden migratoria, esta seguirá vigente, en tanto Julio Ernesto Alvarado, no puede salir del país.
Aunque en la actualidad el periodista en mención no está suspendido de la profesión ni la parte acusadora logró ponerlo tras las rejas, en realidad el Estado de Honduras hace caso omiso a la medida cautelar y lo tiene preso prácticamente país por cárcel pues no puede salir de las fronteras patrias.