En la administración de Hernández, en la presidencia del Congreso Nacional, se aprobó el 08 de diciembre de 2011 el Decreto No.243-2011 que creó la Ley Especial sobre la Intervención de las Comunicaciones Privadas.

El 13 de enero de 2014 el Congreso Nacional aprobó la Ley de Secretos Oficiales y Desclasificación de la Información Pública.

Esta Ley violatoria de convenios internacionales como la Convención Americana sobre Derechos Humanos, es políticamente desastrosa y tiene lugar apenas dos meses después de los controvertidos resultados preliminares de las últimas elecciones, señaló Reporteros Sin Fronteras en ese entonces.

No bastando tanto obstáculo de estas leyes que retroceden acciones a favor de la libertad de información, ahora se pone en marcha el CERT invocando el decreto 139-2016 que señala ser parte del fortalecimiento a la Dirección Nacional de Investigación e Inteligencia, DNII. El gasto en el CERT será de unos 48.9 millones de dólares.

La remilitarización de las instituciones del Estado de Honduras se ha incrementado en el actual gobierno trayendo una gran cola desde el Congreso Nacional de la república donde el actual presidente los presidió.

En diciembre de 2016 JOH firmó acuerdos de seguridad con Israel invocando las amenazas externas para Honduras desde el crimen organizado, terrorismo y narcotráfico, según lo explicó el mandatario a periodistas de distintos medios cuando anunciaba estos acuerdos. La utilización de drones para la vigilancia se incluyó en estos acuerdos.

Diversas poblaciones donde hay resistencia a megaproyectos han denunciado que hay presencia constante de drones, estos se usaron para vigilar también al movimiento estudiantil en la Universidad Nacional Autónoma de Honduras.